Структура Академии
Богословская Академия, являясь единым учебным заведением, тем не менее, проводит подготовку служителей на нескольких различных уровнях.
Библейская школа
Школа призвана готовить миссионеров и учителей церковных воскресных школ для эффективной работы в церковных и миссионерских организациях. Учащиеся изучают богословие и практические дисциплины, максимально приближаясь к реальным формам служения. Время обучения 1 год. По окончании школы выпускники получают свидетельство. Желающие продолжить образование и отвечающие требованиям приема могут без экзамена поступать в Семинарию. Поступающие должны иметь законченное среднее образование в объеме средне школы или эквивалентных учебных заведений, осмысленно знать Молитву Господню "Отче наш", принадлежать к какой-либо поместной церкви протестантской традиции.
Библейский колледж
Эта двухгодичная программа рассчитана на желающих более глубоко познакомиться с церковной историей, теологией и другими богословскими науками. После окончания колледжа ученики занимаются преподавательской деятельностью в школах и других средних учебных заведениях, а также готовы к совершению практического служения в религиозных организациях. Время обучения 2 года. После успешного окончания учебы выпускники получают Диплом. Желающие продолжить образование, при наличии среднего балла не ниже 4, могут быть зачислены без вступительных экзаменов на 2-й курс дневного отделения Семинарии. Студенты по желанию могут изучить библейские языки: древнегреческий и древнееврейский, проходя обучение в Летней лингвистической школе. Требования приема те же, что и в Библейской школе. Поступающие в Библейскую школу и колледж подают необходимые документы и назначаются на собеседование с ректором Академии. Успешно прошедшие собеседование зачисляются на учебу.
С 1998 года программы Библейской школы и колледжа стали выездными и доступными для церквей в различных регионах страны. Уже функционируют учебные центры в Архангельске, Уфе, Вологде, Новосибирске, и Волжском. Преподаватели Академии выезжают на места и проводят несколько учебных сессий в году для желающих получить богословскую подготовку. Также учащиеся имеют возможность удаленного обучения. Это позволяет служителям церквей, не имеющим возможность оторваться от своих обязанностей, обрести необходимые знания и получить Диплом Санкт-Петербургской Евангелической Богословской Академии.
Теологическая семинария
Это основная ступень Академии с программами бакалавриата и магистратуры. Преподавание ведется на кафедрах: теологии и библейских изучений, миссиологии и практического служения, христианского образования и общеобразовательных дисциплин. Лицам с высшим образованием, а также имеющим опыт духовной работы, отдается предпочтение. Студенты, успешно закончившие Библейскую школу или колледж, от вступительных экзаменов освобождаются и зачисляются на основании собеседования.
Бакалавриат
Это 4-годичная программа готовит студентов к профессиональной деятельности в области теологии, церковного служения, духовного образования и миссиологии. После окончания выпускники несут служение в церквях, учебных центрах, миссиях и светских учреждениях в качестве специалистов по вопросам религиоведения.
Магистратура
Эта программа предусматривает получение выпускником полного высшего богословского образования с присвоением учетной степени Магистр богословия. Время обучения по программе Магистр Богословия со специализацией (МА) - два года. Для тех, кто имеет законченное высшее светское образование (Университет или институт), но не имеет богословской подготовки, время обучения по программе магистра богословия со специализацией составляет три года.