Богословская Академия, являясь единым учебным заведением, тем не менее, проводит подготовку служителей на нескольких различных уровнях.

Библейская школа

Школа призвана готовить миссионеров и учителей церковных воскресных школ для эффективной работы в церковных и миссионерских организациях. Учащиеся изучают богословие и практические дисциплины, максимально приближаясь к реальным формам служения. Время обучения 1 год. По окончании школы выпускники получают свидетельство. Желающие продолжить образование и отвечающие требованиям приема могут без экзамена поступать в Семинарию. Поступающие должны иметь законченное среднее образование в объеме средне школы или эквивалентных учебных заведений, осмысленно знать Молитву Господню "Отче наш", принадлежать к какой-либо поместной церкви протестантской традиции.

Библейский колледж

Эта двухгодичная программа рассчитана на желающих более глубоко познакомиться с церковной историей, теологией и другими богословскими науками. После окончания колледжа ученики занимаются преподавательской деятельностью в школах и других средних учебных заведениях, а также готовы к совершению практического служения в религиозных организациях. Время обучения 2 года. После успешного окончания учебы выпускники получают Диплом. Желающие продолжить образование, при наличии среднего балла не ниже 4, могут быть зачислены без вступительных экзаменов на 2-й курс дневного отделения Семинарии. Студенты по желанию могут изучить библейские языки: древнегреческий и древнееврейский, проходя обучение в Летней лингвистической школе. Требования приема те же, что и в Библейской школе. Поступающие в Библейскую школу и колледж подают необходимые документы и назначаются на собеседование с ректором Академии. Успешно прошедшие собеседование зачисляются на учебу.

С 1998 года программы Библейской школы и колледжа стали выездными и доступными для церквей в различных регионах страны. Уже функционируют учебные центры в Архангельске, Уфе, Вологде, Новосибирске, и Волжском. Преподаватели Академии выезжают на места и проводят несколько учебных сессий в году для желающих получить богословскую подготовку. Также учащиеся имеют возможность удаленного обучения. Это позволяет служителям церквей, не имеющим возможность оторваться от своих обязанностей, обрести необходимые знания и получить Диплом Санкт-Петербургской Евангелической Богословской Академии.

Теологическая семинария

Это основная ступень Академии с программами бакалавриата и магистратуры. Преподавание ведется на кафедрах: теологии и библейских изучений, миссиологии и практического служения, христианского образования и общеобразовательных дисциплин. Лицам с высшим образованием, а также имеющим опыт духовной работы, отдается предпочтение. Студенты, успешно закончившие Библейскую школу или колледж, от вступительных экзаменов освобождаются и зачисляются на основании собеседования.

Бакалавриат

Это 4-годичная программа готовит студентов к профессиональной деятельности в области теологии, церковного служения, духовного образования и миссиологии. После окончания выпускники несут служение в церквях, учебных центрах, миссиях и светских учреждениях в качестве специалистов по вопросам религиоведения.

Магистратура

Эта программа предусматривает получение выпускником полного высшего богословского образования с присвоением учетной степени Магистр богословия. Время обучения по программе Магистр Богословия со специализацией (МА) - два года. Для тех, кто имеет законченное высшее светское образование (Университет или институт), но не имеет богословской подготовки, время обучения по программе магистра богословия со специализацией составляет три года.

Аспирантура (Исследовательский центр)

Центра ведет исследовательскую работу в области библейской археологии, миссиологии, антропологии, проводит богословский диалог с различными христианскими церквами и традициями, проводит конференции, научные семинары и симпозиумы. Исследовательский центр Академии активно сотрудничает с различными духовными центрами и учебными заведениями в России и за рубежом. Центр приглашает выдающихся специалистов-богословов для прочтения специальных курсов в Академии. На базе Центра создается уникальный Музей Библии, в котором будут предоставлены экспонаты русских и западных переводов Священного Писания, археологические находки, организовывает паломничества в Святую Землю (Израиль), в древние города Перво апостольской церкви (Турция, Греция), в места, связанные с историей христианства в Древней Руси. Студенты и преподаватели участвуют в археологических и научных экспедициях. В работе центра активно принимают участие преподаватели Академии, студенты и слушатели Семинарии.